Футболист. Родился 22 января 1980 года в Алупке, Крымская область.
В 16 лет по приглашению скаутов команды «Ротор» переехал в Волгоград и поступил в спортивный интернат. Через год стал лучшим бомбардиром зонального турнира первенства России среди команд своего возраста.
Дебютировал в основном составе «Ротора» на чемпионате России в 2000 году. За клуб он сыграл 99 матчей. В 2004‑м футболист перешёл в московский ЦСКА, где стал двукратным чемпионом России (2005, 2006), пятикратным обладателем Кубка России (2005, 2006, 2008, 2009, 2011) и обладателем Кубка УЕФА (2005). После ЦСКА Алдонин выступал за «Мордовию» (2012—2013), затем перешёл в «Волгу» (2013—2014), а завершил карьеру в клубе «Зоркий» (2017—2018).
В 2006‑м Евгений женился на певице Юлии Началовой, у пары родилась дочь Вера (01.12.2006). В декабре 2011 года супруги развелись. В 2015‑м Алдонин заключил брак с Ольгой Пряхиной. У пары двое детей — сын Артём (13.10.2016) и дочь Анжелика (23.11.2019).
В ноябре 2025 года стало известно, что Евгений Алдонин борется с онкологией.
